Перец можно выращивать как с пикировкой, так и без неё. Для пересадки из общего контейнера обычно подходит фаза 1–3 настоящих листьев; оптимальным сроком в описанном опыте считалась стадия двух листьев. Сеянцы с одними семядолями ещё малы, а их тонкий корешок легко повредить. Пикировка — это рассаживание подросших растений по отдельным ёмкостям. Она помогает избежать тесноты: в общем контейнере перцы конкурируют за свет, влагу и питание, из-за чего могут вытягиваться, а их корни — развиваться хуже. Срок зависит и от расстояния между сеянцами. Если семена посеяны близко, рассаду лучше рассадить при появлении 1–2 настоящих листьев: позднее корни переплетутся, а растения начнут затенять друг друга. При редком посеве пересадку можно отложить. В описанном опыте пикировку иногда проводили уже при четвёртом листе — заметных проблем с рассадой и урожаем не наблюдали. Сеять перец сразу в отдельные стаканы тоже можно. Однако утверждение, что эта культура совсем не переносит пикировку, не согласуется с описанным многолетним опытом: после пересадки растения продолжали расти и давали урожай. Выбор способа зависит от места и удобства выращивания. При пикировке перец можно разместить в почве до семядольных листьев. В описанном опыте грунт после поливов оседал, и часть стебля снова оказывалась над поверхностью. При пересадке на постоянное место заглубление также не привело к проблемам в одном из наблюдений: растение дало урожай, а к концу сезона у него была мощная корневая система. Если после поливов или дождя оголяются верхние корни, к кусту подсыпают землю; появление воздушных корешков на стебле — повод рассмотреть заглубление. Ориентироваться стоит на возраст и густоту посева, а не на строгий запрет пикировать или заглублять перец. Результаты отдельных наблюдений не гарантируют одинаковый исход в любых условиях.
